Humala, w wyniku uchwalonej 22 grudnia 2000 przez Kongres Republiki Peru amnestii wobec powstańców, został zrehabilitowany i powrócił do służby wojskowej.
Od stycznia do grudnia 2002 kierował dyrekcją generalną ds. mobilizacji w Ministerstwie Obrony. W styczniu 2003 objął stanowisko attaché wojskowego w Paryżu, a w lipcu 2003 attaché wojskowego przy ambasadzie w Seulu. Pod koniec 2004 przeszedł na wojskową emeryturę.
W sierpniu 2006 został oskarżony o naruszenia praw człowieka, w tym stosowanie tortur i morderstwa, w trakcie służby wojskowej w czasie walk z bojownikami ze Świetlistego Szlaku. Zaprzeczył stawianym mu zarzutom. W grudniu 2006 wysunięto przeciwko niemu zarzuty planowania rebelii wojskowej przeciw prezydentowi Alejandrowi Toledo w styczniu 2005, na czele której stał jego brat Antauro.
Kariera polityczna W październiku 2005 Ollanta Humala założył Peruwiańską Partię Nacjonalistyczną (Partido Nacionalista Peruano, PNP). W 2006 wziął udział w wyborach prezydenckich z ramienia koalicji Unia na rzecz Peru. W czasie kampanii wyborczej zapowiadał rozpoczęcie "rewolucji" na rzecz biednych, wzrost kontroli państwa nad gospodarką oraz ograniczenie zagranicznych inwestycji.