W premierowym i zarazem ostatnim sezonie w Madrycie Anglik zdobył 16 bramek w 45 spotkaniach. Konkurencję do gry w pierwszym składzie stanowili wówczas Raúl czy Ronaldo, stąd też liczba minut spędzonych na boisku była dla Owena niesatysfakcjonująca. W końcu, po długich negocjacjach z kilkoma klubami (m.in. z Liverpoolem), Michael został zakupiony za 16 milionów funtów przez Newcastle United w lecie 2005 roku. Podczas meczu z Tottenhamem w grudniu 2005, Owen zderzył się z bramkarzem drużyny przeciwnej Paulem Robinsonem i złamał palec u nogi, przez co musiał pauzować przez trzy miesiące. Po okresie intensywnej rehabilitacji zawodnik wrócił na boisko na towarzyski mecz reprezentacji Anglii. Po trzech meczach sparingowych, w których Anglik zdobył jedną bramkę, rozpoczęły się mistrzostwa świata w Niemczech. W ostatnim spotkaniu grupowym napastnik źle stanął i zerwał więzadła krzyżowe w prawym kolanie, przez co rehabilitował się kolejne dziesięć miesięcy. Kariera reprezentacyjna Anglika dobiegła końca w 2008 roku – w barwach drużyny narodowej rozegrał 89 spotkań i zdobył 40 goli.