3 lipca 2009 roku został zawodnikiem Manchesteru United na zasadzie wolnego transferu. 29–letni Anglik podpisał dwuletni kontrakt. Debiutancką bramkę zdobył w tym samym miesiącu, w 85. minucie meczu towarzyskiego przeciwko Malaysian XI. Swoim trafieniem Owen dał zwycięstwo United 3:2. Na „Old Trafford” zawodnik spędził trzy sezony – sięgnął z drużyną po mistrzostwo Anglii, Puchar Ligi, a także Tarczę Wspólnoty. W maju 2011 roku był rezerwowym podczas finału Ligi Mistrzów, przegranego przez Manchester United 1:3 z Barceloną na Wembley.
4 września 2012 roku podpisał roczny kontrakt z klubem angielskiej ekstraklasy Stoke City. 19 marca 2013 roku ogłosił, że zakończy karierę po sezonie 2012/2013. Ostatni mecz rozegrał 19 maja 2013 roku z Southampton.
Życie prywatne Owen urodził się w Countess of Chester Hospital w Cheshire. Jest synem Janette i Terry'ego Owen. Ma dwóch starszych braci – Andrew i Terry'ego Juniora, starszą siostrę – Karen oraz młodszą siostrę – Lesley.
W czerwcu 2005 roku Michael poślubił Louise Bonsall;