W Stanisławiu Dolnym osadnictwo przeprowadzone było systemem zwanym kolonizacją na prawie niemieckim.
Stanisław Dolny w kolejnych wiekach przeszedł przez wiele rąk. W 1448 roku, po pertraktacjach z królem Kazimierzem Jagiellończykiem, wieś znów stała się własnością Włodka Skrzyńskiego. W 1564 roku Stanisław Dolny wraz z księstwami oświęcimskim i zatorskim został inkorporowany do Korony Polskiej, tworząc powiat śląski.
XVII wiek przyniósł ze sobą wiele znaczących wydarzeń, takich jak budowa klasztoru w Kalwarii Zebrzydowskiej fundowanego przez Mikołaja Zebrzydowskiego czy udział mieszkańców wsi w oporze przeciwko najeźdźcy szwedzkiemu. Wiek ten był również czasem wielkich ruchów społecznych na tym terenie, kiedy to rosnący wyzysk chłopów przez szlachtę doprowadził do organizowania powstań.
W 1772 roku, po pierwszym rozbiorze Polski, ziemia wadowicka, a wraz z nią Stanisław Dolny, znalazły się pod panowaniem Austrii. Rząd austriacki sprzedał królewszczyznę barwałdzką, co przyczyniło się do jej rozdrobnienia. Mimo to, wieś przeżywała okres rozwoju szewstwa i stolarstwa, szczególnie po założeniu klasztoru.