Od stycznia 1944 był przewodniczącym Rady Jedności Narodowej – substytutu parlamentu Polskiego Państwa Podziemnego. W czerwcu 1944 odmówił przyjęcia godności następcy Prezydenta RP, proponując na swoje miejsce Tomasza Arciszewskiego. Uczestniczył w powstaniu warszawskim. Opuścił Warszawę wraz z ludnością cywilną.

Po upadku powstania ukrywał się m.in. w Piotrkowie Trybunalskim. 27 marca 1945 został aresztowany w Pruszkowie wraz z innymi przywódcami Polskiego Państwa Podziemnego przez NKWD po przybyciu na rozmowy z rzekomym przedstawicielem władz ZSRR w sprawie realizacji postanowień konferencji jałtańskiej o utworzeniu rządu tymczasowego dla Polski. Po wywiezieniu do Moskwy i osadzeniu w więzieniu NKWD na Łubiance, skazany w pokazowym procesie szesnastu przeprowadzonym w czerwcu 1945 na 1,5 roku więzienia.

Amnestionowany po czterech miesiącach powrócił do kraju, nie zgodził się na wymuszaną przez UB emigrację. Ponownie aresztowany w 1947. Proces przywódców PPS-WRN rozpoczął się 5 listopada 1948 przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Warszawie (innymi oskarżonymi byli Józef Dzięgielewski, Ludwik Cohn, Tadeusz Szturm de Sztrem, Feliks Misiorowski, Wiktor Krawczyk;