Ostatecznie jednak Ernest osiadł w Kłodzku dopiero w 1556 r., kończąc swą ożywioną działalność gospodarczą. Dla zjednania nowych poddanych zatwierdził wszystkie dotychczasowe przywileje miasta i hrabstwa. Dokonał reorganizacji administracji, którą oparł na wykwalifikowanych urzędnikach sprowadzonych z Salzburga i Bawarii, a warunkiem ich zatrudnienia była znajomość języka czeskiego, bowiem, wzorem poprzedników, wszelkie dokumenty spisywane były po czesku i po niemiecku. Pod kierunkiem Lorenza Krischkego dokonał przebudowy i rozbudowy zamku na wzgórzu fortecznym, którego część dolna przyjęła wygląd renesansowego pałacu. Korzystał też z prawa do bicia monet, emitując dwustronne srebrne talary i reprezentacyjne złote dukaty, które choć nosiły herb hrabstwa kłodzkiego oraz inskrypcję „comitatus glacensis”, były jednak wytwarzane w biskupiej mennicy w Salzburgu.