Mimo zrzeczenia się funkcji kościelnych poczuwał się do odpowiedzialności za sprawy wyznaniowe i zaczął stopniowo zwalczać ruchy reformacyjne, Za zgodą cesarza Ferdynanda I powołał specjalną komisję, której zadaniem była miarodajna ocena sytuacji religijnej w hrabstwie. Przygotowany przez Ernesta synod podjął decyzję o pozbawieniu urzędów niekatolickich proboszczów i wydaleniu ich z ziemi kłodzkiej. Nieoczekiwany zgon księcia, o którego przyczynach krążyło wiele plotek, wstrzymał realizację wszelkich kontrreformacyjnych działań.
Zmarłego pana ziemi kłodzkiej pochowano w kościele augustianów na zamku w Kłodzku, jednak niedługo później decyzją księcia bawarskiego Albrechta V, bratanka Ernesta, szczątki przeniesiono do rodzinnego grobowca Wittelsbachów w katedrze Frauenkirche w Monachium, a pierwotne miejsce pochówku przykryto heraldyczno-inskrypcyjną płytą z białego marmuru. Ten, jeden z najstarszych renesansowych pomników grobowych na ziemi kłodzkiej znajdował się najpierw w kolegiacie augustianów. W wyniku wojny trzydziestoletniej kolegiata została uszkodzona, a następnie rozebrana. Tablica nagrobna trafiła do kaplicy zamkowej.