Awansowany na stopień pułkownika ze starszeństwem od 19 marca 1939 roku i 8. lokatą w korpusie oficerów artylerii.
Od sierpnia 1939, także w początkowym okresie agresji III Rzeszy na Polskę dowódca artylerii dywizyjnej 3 Dywizji Piechoty Legionów, m.in. uczestnik walk pod Tomaszowem. W Niezdowie kierował z dobrym skutkiem tzw. policyjną zaporą, mającą za zadanie dbać o ład i porządek oraz odsyłać zagubionych żołnierzy do formowanych jednostek wojskowych.
17 września 1939 rozwiązał resztki dywizji, wraz z dwójką oficerów aresztowany na granicy, osadzony w szpitalu, z którego po kilku dniach zbiegł. Ukrywał się w nadleśnictwie Lipa obok Zaklikowa, później w leśniczówce Flisy ordynacji hrabiego Jana Zamoyskiego. Tam zajmował się handlem drzewem, podając się za inżyniera z Warszawy o nazwisku Talar.
Działalność konspiracyjna i służba w PSZ Od stycznia 1940 organizator oraz szef Oddziału II (operacyjnego) Komendy Głównej Związku Walki Zbrojnej. Od 1941 szef Oddziału III a KG ZWZ, wraz z ppłk dypl. Jerzym Kirchmayerem przygotowywał plany operacyjne powstania powszechnego. 1 października 1943 awansowany na stopień generała brygady. W drugiej połowie 1943 przygotowywał plany operacyjne akcji „Burza”. W listopadzie 1943 napisał do dowódcy AK gen.