W 1919, bez jego wiedzy POW planowała zamach stanu na Litwie, po którym według planów POW miał zostać dyktatorem Litwy z powodu swoich pro-polskich sympatiiŁossowski (1995), s. 61, 64.. Zamach nie doszedł do skutku, ale zmniejszył reputację Žukauskasa wśród litewskich nacjonalistów; Žukauskas został tymczasowo odsunięty od piastowanego stanowiska dowódcy litewskich sił zbrojnych.
23 lutego 1920 został ponownie dowódcą naczelnym armii litewskiej. Zrezygnował z tego stanowiska 14 czerwca 1920. Po wybuchu konfliktu z Polską, 8 października 1920 został po raz kolejny naczelnym dowódcą litewskich sił zbrojnych. Dowodził 17–21 listopada w bitwie pod Giedrojciami i Szyrwintami, gdzie oddziały litewskie wstrzymały ofensywę Dywizji Litewsko-Białoruskiej gen. Żeligowskiego.
Został zdymisjonowany 29 maja 1921, gdy konflikt litewsko-polski zakończył się. Następnie zakończył swą służbę w wojsku, zostając przedstawicielem firmy American Lithuanians Company, która budowała na Litwie, m.in. elektrownię niedaleko Szawli.
Od 5 czerwca 1923 do 25 stycznia 1928 ponownie był naczelnym dowódcą armii litewskiej. Poparł grudniowy zamach stanu w 1926 roku.
Zmarł nagle w 1937 i został pochowany na cmentarzu luterańskim w Kownie. W pogrzebie uczestniczył prez.