W 1957 został niezależnym kandydatem w wyborach do Sejmu (kandydował z okręgu nr 34 w Krakowie), publicznie deklarował, że jego celem w Sejmie będzie walka o prawa ludzi wierzących i obrona interesu Kościoła katolickiego. Podkreślał też, że posłowie katoliccy mogą służyć marksistom głosem doradczym. Według oficjalnych wyników w wyborach uzyskał ponad 249 tysięcy głosów, wyprzedzając m.in. premiera Józefa Cyrankiewicza. W Sejmie został przewodniczącym koła posłów „Znak”, był także wiceprzewodniczącym Komisji Spraw Zagranicznych oraz członkiem Konwentu Seniorów. W pierwszym wystąpieniu sejmowym podkreślił, że pomimo różnic natury ideologicznej oraz „przykrych doświadczeń przeszłości” posłowie katoliccy podzielają nadrzędne cele narodowe, w tym ideał Polski suwerennej i sprawiedliwej. Już na początku 1958 dostrzegał odejście od polityki zapoczątkowanej w październiku 1956 (chociaż najważniejsze osiągnięcia tego okresu uważał za zachowane), wzywał publicznie do większego zaufania społeczeństwu i umożliwienia większego zaangażowania osób bezpartyjnych.