W lutym 1945 opuścił Wilno (razem z Adelą Stefanowicz) i udał się do Częstochowy. Przedstawił kardynałom Hlondowi i Sapieże projekt powołania Instytutu Katolickiego, szybko podchwycony przez biskupa częstochowskiego Teodora Kubinę. 28 września 1945 biskup Kubina erygował Instytut Katolicki w Częstochowie, z zadaniami kształcenia katechetów, katolickich wychowawców oraz stworzenia możliwości pogłębiania wiedzy katolickiej osobom świeckim. Latem 1946 Wojtukiewicz zorganizował w Częstochowie Ogólnopolski Kurs Katechetyczny. Został mianowany diecezjalnym wizytatorem nauki religii. Od maja 1947 ks. Wojtukiewicz kierował Instytutem Katolickim w jego nowej siedzibie – Wrocławiu. Tam kontynuował organizowanie kursów katechetycznych (1947 Wrocław i Lublin, 1948 Wrocław).
Po utworzeniu przez nowego zwierzchnika archidiecezji wrocławskiej arcybiskupa Kominka Katolickiego Instytutu Naukowego (o zadaniach zbliżonych do Instytutu Katolickiego) Wojtukiewicz starał się o przeniesienie dotychczasowego ośrodka na inne ziemie. W 1958 zainicjował działalność na Warmii, w Gietrzwałdzie, pod nazwą Ośrodek Katechetyczny, działający przy Kurii Biskupiej w Olsztynie.