Bliższą współpracę z Adelą Stefanowicz ks. Wojtukiewicz prowadził po przeniesieniu do Wilna w 1937. Wspólnie redagowali dwumiesięcznik "Ku Szczytom" (1937–1939), w październiku 1938 powołali do życia Katolicki Związek Wychowawczy (zatwierdzony przez władze kościelne i państwowe), przy którym Wojtukiewicz pełnił funkcję generalnego asystenta kościelnego. W statucie jako zadanie Związku określili wypracowanie metod katolickiego wychowania. Na życzenie Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Wojtukiewicz opracowywał recenzje podręczników do religii dla szkół podstawowych. W okresie wojny uczestniczył w tajnym nauczaniu, prowadząc zajęcia z dogmatyki, etyki, liturgiki, historii Kościoła oraz nauki społecznej Kościoła na podstawie encyklik Rerum novarum i Quadragesimo anno.