Problemy W 2010 niemiecka gazeta Bild pisała o braku gotowości śmigłowców do transportu żołnierzy. Eksperci niemieckiej armii mówili, że siedzenia w NH90 były dopuszczone do maksimum 110 kg, co jest niewystarczające dla w pełni wyposażonych żołnierzy. Nie było także możliwości zabezpieczenia cięższego uzbrojenia, a podłoga kabiny była podatna na uszkodzenia. Żołnierze w pełnym rynsztunku nie mogli także korzystać z tylnej rampy w związku z nałożonymi ograniczeniami konstrukcyjnymi. Nie było także możliwości zamontowania ciężkiego karabinu maszynowego w drzwiach ani sprzętu do dokonywania desantu z powietrza lub skoków spadochronowych. Raportowano także o problemach z lądowaniem śmigłowca – lądowanie możliwe było tylko na utwardzanej powierzchni z przeszkodami nieprzekraczającymi 16 centymetrów. W odpowiedzi niemieckie ministerstwo obrony ogłosiło, że Eurocopter został poinformowany o problemach i zostaną one rozwiązane.
W Listopadzie 2011 śmigłowiec został umieszczony na liście "Projects of Concern" Australijskiego Departamentu Obrony w związku z opóźnieniami i znaczną ilością problemów konstrukcyjnych, wliczając w to problem który doprowadził do uziemiania całej floty australijskich MRH90 w 2010 po awarii kompresora w jednym z dwóch silników.