W dwóch testamentach (z 1621 i 1623) monarcha zapisał 20 000 florenów oraz paramenty liturgiczne na odprawianie mszy świętej. Władca chciał, aby codzienne odprawiano mszę o Duchu Świętym za fundatora, zaś w czwartki i soboty msze śpiewane o Matce Boskiej z introitem – Salve Sancta Parens. Owe testamenty po śmierci Zygmunta III otwarto 4 maja 1632. Króla oraz Konstancję Austriaczkę (jego drugą żonę) pochowano w krypcie pod kaplicą Zygmuntowską w 1633. Tego roku przeniesiono kości biskupa Prandoty, pochowanego w kaplicy Prandocińskiej.
W 1644 z funduszy Władysława IV Wazy powstała nowa krypta grobowa dla Wazów sąsiadująca z kryptą pod kaplicą Zygmuntowską, co było pierwszym etapem w budowie kaplicy. Pracami kierował kanonik Jan Chryzostom Bodzanta. Jako pierwszą w tym samym roku w nowym sklepie na Wawelu złożono trumnę królowej Cecylii Renaty, następnie w 1647 królewicza Zygmunta Kazimierza, a dwa lata później samego Władysława IV.