14 grudnia 1925 został przeniesiony na urząd biskupa diecezjalnego nowo erygowanej diecezji łomżyńskiej, którą kanonicznie przejął 26 stycznia 1926. W czasie krótkich rządów w diecezji doprowadził do wybudowania gmachu przeznaczonego na siedzibę biskupa i kurii oraz uzyskał godność kolegiaty dla kościoła w Sejnach.
24 czerwca 1926 został mianowany arcybiskupem metropolitą wileńskim. Rządy w archidiecezji wileńskiej objął 8 września 1926. W 1927 przeprowadził koronację obrazu Matki Boskiej Ostrobramskiej, w 1931 synod archidiecezjalny, a w 1939 synod prowincjonalny. Zorganizował także kongres eucharystyczny i kongres maryjny. Do 1939 dokonał trzykrotnej wizytacji wszystkich parafii archidiecezji. Dbał o podniesienie poziomu wykształcenia kleru, wspierał rozwój organizacji społecznych i stowarzyszeń katolickich. Założył drukarnię archidiecezjalną. Zajął się rewindykacją obiektów utraconych przez Kościół w czasie zaborów. Zalecił, aby w wileńskim seminarium duchownym wprowadzono lektorat języka litewskiego.