Po zajęciu Wilna przez Litwinów w październiku 1939 popadł z nimi w ostry konflikt na tle działalności narodowościowej. W grudniu 1939 rząd litewski wystosował notę do Watykanu, domagając się odwołania go i powołania w jego miejsce administratora apostolskiego. W marcu 1942 aresztowany przez funkcjonariuszy gestapo, do lata 1944 przebywał na internowaniu w domu księży marianów w Mariampolu. Do Wilna powrócił w sierpniu 1944 po zajęciu miasta przez wojska radzieckie. Wznowił działalność instytucji archidiecezjalnych, reaktywował seminarium duchowne, obsadził parafie, w których brakowało księży, wysłał kapłanów do pracy na Białorusi. W styczniu 1945 został aresztowany przez funkcjonariuszy NKWD i umieszczony w więzieniu na Łukiszkach. Po miesiącu zwolniono go ze względu na stan zdrowia i konieczność podjęcia specjalnego leczenia. W maju 1945 zakończono śledztwo i sformułowano wobec niego akt oskarżenia, zarzucając inspirowanie działalności podziemnej polskiej antysowieckiej organizacji Związek Walki Zbrojnej w latach 1940–1941, współpracę z Delegaturą Rządu na Kraj i Armią Krajową, a od 1944 popieranie antysowieckiego polskiego podziemia. W czerwcu 1945 Kolegium Specjalne w Moskwie wydało nakaz deportowania go do Polski. O nakazie wyjazdu z Wilna został poinformowany na początku lipca 1945.