W 1608 roku zmarł jego ojciec, który był przedsiębiorcą. Rodzina Uriela znalazła się w trudnej sytuacji finansowej, ze względu na niespłacone należności kontrahentów ojca. Matka filozofa musiała wziąć pożyczkę. Uriel podjął pracę skarbnika kościoła, co zapewniało mu stosunkowo wysokie zarobki. W 1613 rodzina spłaciła długi i odzyskała zaległe należności. Wkrótce później, wiosną 1614 roku, Acosta udał się wspólnie z matką do Amsterdamu (Holandia słynęła wówczas z tolerancji wobec Żydow). W 1615 przeszedł na judaizm. W tym samym roku udał się do Hamburga, by otworzyć tam placówkę handlową rodzinnej firmy. W Hamburgu popadł w konflikt z lokalną społecznością żydowską. Oburzyły go rozbieżności pomiędzy Torą a Talmudem. Spisał swoje wątpliwości i przesłał polemikę do przywódców hiszpańsko-portugalskiej społeczności żydowskiej. Jego zarzuty zostały odparte przez przywódcę społeczności rabina Leona Modene, zagrożono mu ekskomuniką. Acosta upierał się przy swoich poglądach. W 1618 roku został potępiony i wykluczony ze społeczności żydowskiej Hamburga.