Za szerzenie tych poglądów ponownie został uznany za heretyka i wyklęty.
Jesienią 1639 roku postanowił powrócić do społeczności żydowskiej. Warunkiem było jednak zniesienie obowiązującej go ekskomuniki. By to osiągnąć, Acosta musiał poddać się pokucie, w jej ramach był publicznie biczowany w synagodze. W kwietniu 1640 roku popełnił samobójstwo.
W 1687 roku opublikowano autobiografie Acosty „Exemplar Humanae Vitae“, która przez długi czas była głównym źródłem dotyczącym życia filozofa.
Znaczenie Jest uważany za prekursora nowoczesnej krytyki biblijnej i myśli naturalistycznej w filozofii. Kontynuacja myśli da Costy wyraźnie widoczna jest u Barucha Spinozy. Spinoza swą krytykę Biblii rozpoczął niemal od tego miejsca, gdzie zatrzymał się da Costa.
Postać filozofa została uwieczniona w sztuce teatralnej Uriel Akosta niemieckiego pisarza Karola Gutzkowa.
Publikacje 1616 – Propostas contra a tradição (w języku portugalskim) 1623 – Exame das tradições farisaicas (w j. portugalskim) 1687 – Exemplar humanae vitae (w języku łacińskim),