Pod koniec XIX wieku władze carskie różnymi sposobami ograniczały działalność klasztorów katolickich i rozpoczęły masowe ich zamykanie. W 1886 zamknięto również klasztor bernardynek, a budynek przeznaczył na przytułek dla ubogich. Po paru latach zamknięto również kościół, który niszczał do 1905, kiedy to Sapiehowie mieszkający zagranicą podjęli próby uporządkowania opuszczonego kościoła. Po I wojnie światowej i po zajęciu Wilna przez wojska polskie kościół został ponownie konsekrowany, w 1921 powróciły do niego bernardynki. W marcu 1942 hitlerowcy aresztowali bernardynki, a po ich uwolnieniu zabronili powrotu do klasztoru, w którym po kilku miesiącach powstało litewskie seminarium duchowne. Po II wojnie światowej, gdy Litwę okupował ZSRR, większość kościołów wileńskich, w tym kościół św. Michała, była zamknięta. Władze radzieckie postanowiły w 1948 urządzić w nim muzeum architektury. Jednak zespół klasztorny i kościół przez wiele lat pozostawał zaniedbany i lekkomyślnie niszczony - w 1951 zburzono cały osiemnastowieczny wystrój wnętrza, zdemontowano organy. Budynki klasztorne zamieniono na akademik, mieszkania i pracownie. W 1964 pożar zniszczył kościół.