Dopiero po pożarze wyremontowano kościół i przekształcono go w muzeum architektury.
Po odzyskaniu przez Litwę niepodległości w 1993 kościół i budynki klasztorne zostały przekazane kurii diecezji wileńskiej.
7 października 2005 roku arcybiskup metropolita wileński kardynał Audrys Bačkis dekretem ustanowił na terenie kościoła i klasztoru Muzeum Dziedzictwa Sakralnego. W 2005 rozpoczęto prace konserwatorskie.
18 października 2009 roku Muzeum Dziedzictwa Sakralnego zostało otwarte.
Wyposażenie Mimo dewastacji po 1945 we wnętrzu kościoła ocalały: Nagrobek Lwa Sapiehy i jego żon, Elżbiety z Radziwiłłów i Doroty z Firlejów - na prawo od ołtarza głównego; Nagrobek Jana Stanisława Sapiehy - nad drzwiami do zakrystii; Nagrobek Teodory Krystyny Tarnowskiej wystawiony przez jej męża Kazimierza Leona Sapiehę z około 1652 r. (proj. Giovanni Battista Gisleni i Francesco de Rossi); Epitafium Krzysztofa Mikołaja Sapiehy - klatka schodowa dawnego klasztoru; Do 1945 r. w kościele znajdował się obraz Marii z Dzieciątkiem adorowanej przez św. Franciszka z Asyżu i św. Bernardyna ze Sieny zwany obrazem Matki Boskiej Sapieżyńskiej bądź Świętomichalskiej. Został przeniesiony z kościoła Bernardynów, gdzie od XVI w. zasłynął łaskami i cudami. Jego kult oficjalnie potwierdzono w 1699 r. 8 września 1750 r.