Na arenę polityczną John Hancock wkroczył jako oponent ustawy wprowadzającej opłaty skarbowe w 1765 roku. Karierę polityczną rozpoczynał w Bostonie i w legislaturze stanowej w Massachusetts. Około 1770 roku Brytyjczycy aresztowali go i skonfiskowali jeden z jego statków pod zarzutem przemytu. Proces, w którym Hancocka przed zarzutami skutecznie bronił John Adams, uczynił z Hancocka bohatera narodowego.
Dzięki znajomości z Johnem Adamsem i Samuelem Adamsem wpływy Johna Hancocka rosły. W latach 1775–1778 był delegatem do Kongresu Kontynentalnego, a od 24 maja 1775 roku do października 1777 roku pełnił funkcję jego prezydenta. Jako prezydent liczył, że obejmie funkcję głównodowodzącego Armii Kontynentalnej podczas wojny o niepodległość Stanów Zjednoczonych, ale ze względu na brak doświadczenia wojskowego Kongres Kontynentalny nie zdecydował się na taki krok i powierzył dowództwo George’owi Washingtonowi. Sytuacja ta poróżniła go do końca życia z Samuelem Adamsem.
W 1777 roku Hancock dowodził w randze generała oddziałami stanowej gwardii Massachusetts, które podjęły nieudaną próbę odbicia z rąk Brytyjczyków miasta Newport w stanie Rhode Island.