W 1780 roku został wybrany pierwszym gubernatorem stanu Massachusetts. Na stanowisku tym zasiadał do 1785 roku. Z kolei 23 listopada 1785 roku został ponownie wybrany prezydentem Kongresu Kontynentalnego, jednak ze względów zdrowotnych nie uczestniczył w obradach i ostatecznie ustąpił 29 maja 1786 roku. W 1787 roku został ponownie wybrany gubernatorem stanu Massachusetts. Tym razem stanowisko to piastował aż do śmierci 8 października 1793 roku.
Podpis na Deklaracji Niepodległości thumb|Charakterystyczny podpis Johna Hancocka na Deklaracji Niepodległości Stanów Zjednoczonych John Hancock znany jest również z tego, że był pierwszym sygnatariuszem Deklaracji Niepodległości Stanów Zjednoczonych. Na ulotkowej wersji Deklaracji Niepodległości wydrukowanej w noc jej uchwalenia, 4 lipca 1776 roku, i rozprowadzanej wśród ludności następnego dnia, podpisy złożyli tylko John Hancock i sekretarz Kongresu Kontynentalnego, Charles Thomson. Gdy 2 sierpnia uroczyście podpisywano prawdziwy dokument, Hancock złożył duży, rzucający się w oczy podpis. Wedle jednej z anegdot, Hancock miał złożyć tak wielki podpis, aby król Wielkiej Brytanii nie potrzebował okularów, by uznać go za zdrajcę.