Pochowany jest na cmentarzu Raadi.

W 1906 ożenił się z Marią Kotšubeiga, po jej śmierci w 1929 ożenił się powtórnie, z Marią Küppariga. Z drugiego małżeństwa urodziła się w 1932 jego jedyna córka, Liivia, która także została neurochirurgiem.

W 1922 był jednym z członków założycieli Estońskiego Towarzystwa Neurologicznego (Eesti Neuroloogide Selts), którego został potem przewodniczącym. Był członkiem korespondentem Academia das Ciências de Lisboa. W 1922 został profesorem honoris causa Uniwersytetu w Padwie, w 1930 – Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie. W 1924 został odznaczony Legią Honorową. W 1938 został członkiem Estońskiej Akademii Nauk. Był założycielem L'Institut Scientifique Français de Tartu (1922). W 1940 roku, po przyłączeniu Estonii do ZSRR, władze radzieckie przyznały mu tytuł Zasłużonego Naukowca ZSRR.

Archiwum Puuseppa jest przechowywane w bibliotece Uniwersytetu w Tartu.