W kompetencjach Jerzego Rutkowskiego leżał również przydział drukarń poszczególnym organizacjom politycznym, podjął on decyzję o udostępnieniu akowskich drukarń PPR na prośbę jej delegatów. Podlegał mu także dobrze uzbrojony oddział osłonowy drukarń, który w czasie powstania zdobył kilka warszawskich zakładów poligraficznych, a także przyczynił się walnie do zdobycia Poczty Głównej, za co Rutkowski otrzymał Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militari. Po upadku powstania przebywał kolejno w: Stalagu 344 Lamsdorf, Oflagu II D Gross-Born i Stalagu X B Sandbostel.
Po krótkim pobycie w Paryżu i Brukseli, w sierpniu 1945 powrócił do kraju. We wrześniu 1945 objął funkcję pełnomocnika Zarządu Głównego Polskiego Czerwonego Krzyża do spraw odbioru dostaw zagranicznych i zorganizował ekspozyturę ZG PCK na porty Gdynia i Gdańsk z siedzibą w porcie gdyńskim, którą kierował osobiście. Funkcję tę zajmował do 1947, po czym objął funkcję kierownika Wydziału Finansowego ZG PCK.