W 1953 przyjął propozycję Bolesława Piaseckiego i został dyrektorem naczelnym Centrali Przemysłowo-Handlowej „INCO”. Po polskim październiku był w latach 1958–1961 twórcą przeforsowanych przez Stowarzyszenie PAX wobec władz komunistycznych przepisów, które umożliwiały działalność niepaństwowych przedsiębiorstw wielobranżowych i organizacji społecznych. W konsekwencji podjęło działalność gospodarczą przeszło dwadzieścia niepaństwowych zakładów produkcyjnych – baza gospodarcza stowarzyszenia PAX przez cały okres PRL. Została ona przeorganizowana w początku lat 60. XX w. w tzw. Zjednoczone Zespoły Gospodarcze INCO, a Jerzy Rutkowski pełnił w nich funkcję zarządcy i naczelnego dyrektora Zarządu Przemysłu i HandluWykorzystano formułę spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, w której właścicielem wszystkich udziałów było stowarzyszenie PAX. INCO sp. z o.o. i Veritas sp. z o.o. były w konsekwencji jedynymi niepaństwowymi przedsiębiorstwami w PRL wykorzystującymi, przy tolerancji władz komunistycznych, formę spółki z o.o. zgodnie z regulacjami kodeksu handlowego z 1934. Powyższa konstrukcja prawna umożliwiała funkcjonowanie grupy INCO-VERITAS jako tzw. jednostki gospodarki uspołecznionej, co było warunkiem istnienia w systemie komunistycznej gospodarki nakazowo-rozdzielczej..