Po śmierci Stefana jego druga żona, Jadwiga, jeszcze przez wiele lat władała zamkiem trenczyńskim, w którym też zmarła w 1521 r. Syn Stefana i Jadwigi, Jan Zápolya, stanął na czele antyhabsburskiego stronnictwa szlacheckiego na Węgrzech i w 1526 został koronowany na króla Węgier. W 1527 r. pozostający w jego rękach zamek po 14-tygodniowym oblężeniu został zdobyty przez generała Katzianera walczącego w służbach króla Ferdynanda I Habsburga. Kolejne przebudowy w połowie XVI w., prowadzone w stylu renesansowym, miały na celu przystosowanie zamku do rozwijającej się szybko broni artyleryjskiej i uczynienie z niego istotnego punktu oporu przed zbliżającym się zagrożeniem tureckim. Około roku 1560 zamek osiągnął szczyt swojego rozwoju.
W 1594 r. zamek przejęła we władanie rodzina Illesházych. Formalnie pozostawała jego właścicielem do 1948 r., kiedy przeszedł on na własność państwa. W 1790 r. w trakcie wielkiego pożaru miasta spłonął również zamek. Od tego czasu obiekt popadał w ruinę.