Rok później Serb wraz z partnerami znów został wicemistrzem Hiszpanii, a także zdobył dwa trofea: Puchar Hiszpanii oraz Superpuchar Hiszpanii. Natomiast w 1997 roku zajął 3. miejsce w La Liga. W Deportivo rozegrał 212 ligowych meczów, w których zdobył 7 goli.
Latem 1997 Đukić ponownie zmienił barwy klubowe i odszedł do Valencii. W niej zadebiutował 31 sierpnia w przegranym 1:2 spotkaniu z RCD Mallorca. W Valencii podobnie jak w Deportivo był podstawowym zawodnikiem, a swój pierwszy sukces z nowym zespołem osiągnął w sezonie 1998/1999, kiedy zdobył Copa del Rey. Latem sięgnął po Superpuchar Hiszpanii, a w 2000 roku zajął 3. pozycję w La Liga. W sezonie 2001/2002 wywalczył swój pierwszy i jedyny w karierze tytuł mistrza Hiszpanii, ale spełniał rolę głównie rezerwowego dla Argentyńczyków Mauricio Pellegrino i Roberta Ayali. Sezon 2002/2003 był jego ostatnim w barwach klubu z Walencji. Rozegrał dla niego łącznie 156 ligowych spotkań, w których zaliczył 4 gole.
W sezonie 2003/2004 Miroslav wystąpił w 27 spotkaniach drugoligowca CD Tenerife. Po sezonie zdecydował się zakończyć piłkarską karierę.