Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Đukić został trenerem. Licencję trenerską zdobył w Hiszpanii, a pierwszą pracą, którą podjął było samodzielne prowadzenie od 2006 roku reprezentacji Serbii U-21. W 2007 roku awansował z nią do Mistrzostw Europy U-21 2007. W tym samym roku porzucił pracę z kadrą i wybrał posadę trenera Partizana, w którym pracował niecały rok. 19 grudnia 2007 zdecydował się nie przedłużać kontraktu z tą drużyną, 25 grudnia został mianowany selekcjonerem pierwszej reprezentacji Serbii, w której zastąpił Hiszpana Javiera Clemente. Prowadził również olimpijską kadrę Serbii na Letnich Igrzyskach Olimpijskich w 2008 roku jednak po porażkach został 19 sierpnia 2008 zwolniony. W 2009 roku był trenerem zespołu Excelsior Mouscron. W 2011 roku najpierw został zatrudniony w Hérculesie, a następnie w Realu Valladolid. 4 czerwca 2013 został zaprezentowany jako szkoleniowiec Valencii, zastąpił na tym stanowisku odchodzącego Ernesto Valverde. 16 grudnia 2013 został zwolniony z funkcji trenera Valencii.
Życie prywatne Jest żonaty z Svetlaną, ma dwóch synów i pięcioro wnucząt.