Po ataku Niemiec na Francję w maju 1940 roku będący w remoncie i nie w pełni sprawny okręt udał się do brytyjskiego portu Plymouth. 3 lipca 1940 roku w czasie operacji Catapult, tj. przejmowania kontroli nad francuskimi okrętami, zginęło podczas strzelaniny na jego pokładzie dwóch brytyjskich oficerów, w tym dowódca okrętu podwodnego HMS „Thames” kmdr ppor. Dennis Sprague, jeden marynarz brytyjski i jeden Francuz, a kilka osób odniosło rany. 15 września tego roku okręt został formalnie przekazany Marynarce Wojennej Wolnych Francuzów, lecz miała ona trudności z obsadzeniem okrętu, gdyż większość pierwotnej załogi łącznie z dowódcą wyraziła chęć repatriacji do Francji. 15 grudnia 1940 roku po raz pierwszy wyszedł w morze po skompletowaniu załogi, pod dowództwem kmdr. ppor. Pierre'a Ortoli. Brytyjczycy rozważali adaptację okrętu do celów transportu zaopatrzenia na Maltę, lecz sprzeciwiło się temu dowództwo marynarki francuskiej. Dopiero w lutym 1941 roku okręt osiągnął gotowość bojową i 19 lutego wyruszył do Kanady, w drodze powrotnej w kwietniu eskortując konwój HX-118. Podczas nalotów na bazę morską Plymouth pod koniec kwietnia 1941 roku uszkodzony został wodnosamolot okrętu MB-411, przez co „Surcouf” od tej pory nie miał wodnosamolotu.