W maju i czerwcu okręt bezskutecznie poszukiwał niemieckich okrętów zaopatrzeniowych na środkowym Atlantyku, zawijając na Bermudy. W grudniu 1941 roku „Surcouf” przetransportował do Kanady admirała Émile'a Museliera. 240px|thumb|Sylwetka
Zatonięcie Przydatność operacyjna okrętu była problematyczna. Wyposażenie i uzbrojenie były niekompatybilne z brytyjskim, nie posiadano również części zapasowych. Francuzi pragnęli jednak zachować go w służbie głównie ze względów prestiżowych. W styczniu 1942 roku podjęto decyzję o skierowaniu okrętu na wody Oceanu Spokojnego celem ochrony francuskich posiadłości w Polinezji. Okręt zaginął podczas przebazowania w rejonie Kanału Panamskiego. Za przyczynę uważa się kolizję z amerykańskim frachtowcem SS „Thompson Lykes” (6762 BRT), który raportował zderzenie i zatopienie nieznanej jednostki w nocy 18 lutego 1942 roku. Wątpliwości budzą jednak stosunkowo niewielkie uszkodzenia poniesione przez statek oraz duża różnica pozycji. Bardziej prawdopodobna wersja wydarzeń zakłada pomyłkowe zatopienie „Surcoufa” przez amerykańskie samoloty z Panamy, które 19 lutego atakowały duży, niezidentyfikowany okręt podwodny. Brytyjski autor James Rusbridger zaproponował wyjaśnienie łączące dwie teorie.