W 1968 przypadł jego debiut reżyserski w sztuce Pierwszy Dzień Wolności Leona Kruczkowskiego w Bałtyckim Teatrze Dramatycznym w Koszalinie-Słupsku. W sezonie 1968/1969 pełnił funkcję kierownika artystycznego tej sceny, później, do 1970, pracował tutaj jako reżyser. Na początku lat 70. Maciej Prus realizował spektakle w warszawskim Teatrze Ateneum i Teatrze im. Wojciecha Bogusławskiego w Kaliszu, gdzie był zatrudniony jako reżyser w latach 1970–1972. W latach 1974–1976 Maciej Prus wrócił do Krakowa. Pracował w Starym Teatrze jako reżyser. W sezonie 1977/1978 był kierownikiem artystycznym i reżyserem Teatru Muzycznego w Słupsku. W latach 1980–1982 pełnił funkcję kierownika artystycznego Teatru Wybrzeże w Gdańsku. W latach 80. był związany przede wszystkim z warszawskim Teatrem Dramatycznym i łódzkim Teatrem im. Stefana Jaracza. W latach 90. współpracował z wieloma polskimi scenami, nadal reżyserował w Teatrze Dramatycznym (w latach 1990–1993 był dyrektorem artystycznym tej sceny) oraz w warszawskim Teatrze Polskim, Teatrze Narodowym, Teatrze im. Juliusza Słowackiego w Krakowie, Teatrze Polskim we Wrocławiu i Teatrze Polskim w Poznaniu. W latach 2003–2004 był reżyserem Teatru Nowego w Łodzi.