W latach 90. Maciej Prus dwukrotnie wystawiał Wyzwolenie Stanisława Wyspiańskiego – w Teatrze im. Jaracza w Łodzi (1990) i w krakowskim Teatrze im. Słowackiego (1992), a także powrócił do literatury romantycznej i Witkacego. W 2003 w Teatrze Nowym w Łodzi Maciej Prus podjął się przygotowania premiery Hamleta, nieukończonego przed śmiercią przedstawienia w reżyserii Kazimierza Dejmka.
Oprócz dorobku reżyserskiego w teatrze dramatycznym miał też na swoim koncie wiele inscenizacji operowych, m.in. w Teatrze Wielkim w Warszawie, Teatrze Muzycznym w Krakowie, Teatrze Wielkim w Poznaniu, Teatrze Wielkim w Łodzi i Operze Nova w Bydgoszczy.
Odznaczenia
Złoty Krzyż Zasługi (1985) Srebrny Krzyż Zasługi (1981) Medal 40-lecia Polski Ludowej (1986) Srebrny Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis” (2011) Odznaka „Zasłużony Działacz Kultury” (1988)
Nagrody
Nagroda Ministra Kultury i Sztuki III stopnia (1973)„Dziennik Polski”, rok XXIX, nr 172 (9145), s. 2. Nagroda im.