Jedną z pierwszych decyzji Dudleya był zwrot Boulogne Francuzom oraz rozpoczęcie negocjacji w sprawie małżeństwa króla z królewną francuską Elżbietą Walezjuszką. W kwietniu 1550 zawarł ugodę z Edwardem Seymourem, którą przypieczętował ślub najstarszego syna Johna z Anne Seymour. Zmiany religijne w kraju nabrały rozpędu - konserwatywnych biskupów, którzy odpowiadali się za modelem anglikanizmu reprezentowanego jeszcze przez Henryka VIII, pozbawiono urzędów, a ich majątki skonfiskowano.
W 1551 Dudley otrzymał tytuł księcia Northumberland i zgromadził dobra na północnym wschodzie Anglii
W międzyczasie rósł konflikt pomiędzy Marią a Johnem. Dudley był przeciwnikiem katolicyzmu i zabraniał królewskiej siostrze uczestnictwa we mszach.
John, stając się najważniejszym doradcą króla, zadbał o jego edukację w sprawach związanych z rządzeniem krajem, a także wprowadził Edwarda w świat rycerskich sportów i rozrywek.
Śmierć króla Edward VI w kwietniu 1552 zachorował na ospę. Król szybko się wyleczył, jednak kilka miesięcy później znów poważnie zachorował. Wiosną 1553 stało się jasne, że król cierpi na gruźlicę. Śmierć Edwarda była kwestią czasu.