W suterenie lewego skrzydła gmachu urządzono więzienie śledcze (Hausgefängnis). W celu dostosowania obiektu do nowych zadań przebudowano część pomieszczeń zajmowanych przez magazyn i ekspedycję czasopism oświatowych. Jedną z sal podzielono na 10 małych cel izolacyjnych, do których wstawiono żelazne łóżka. Powstały również 4 cele zbiorowe bez okien, w których więźniowie oczekiwali na przesłuchania. Cele zbiorowe były nazywane „tramwajami”. Nazwa pochodzi od charakterystycznego ustawienia drewnianych ławek w dwóch rzędach wzdłuż ścian. Więźniowie siedzieli w „tramwajach” zwróceni plecami do korytarza, nie mogli poruszać się ani rozmawiać. W każdej z czterech cel na przesłuchania oczekiwało po około 15 osób. Obok wybudowano pokój przeznaczony do doraźnych przesłuchań. Przy pracach budowlanych Niemcy zatrudniali Żydów aresztowanych w Warszawie.
Do gmachu w alei Szucha przywożono więźniów z Pawiaka (najczęściej dwa razy dziennie), innych więzień dystryktu warszawskiego oraz osoby dopiero co aresztowane.