W roku 1989 prezesurę objął Tomasz Kaczor. W latach 1990–1993 zakład przeżywał wielki kryzys. Węgiel, drewno i inne surowce nie były sprowadzane na czas. Urząd zajmujący się ochroną środowiska nałożył na fabrykę kary pieniężne ze względu na zanieczyszczania spowodowane produkcją celulozy. Przedsiębiorstwo zostało przekształcone w Zakłady Papiernicze we Włocławku, a sama celuloza była kupowana między innymi od: ZCP Świecie, ZCP Kwidzyn.
W maju 1994 Zakłady Celulozowo-Papiernicze im. Juliana Marchlewskiego we Włocławku ogłosiły upadłość.
Ceglany komin Celulozy, będący symbolem zakładów, został w 2009 roku obniżony ze względu na obawę o wytrzymałość wysokiej konstrukcji do 1/2 pierwotnej wysokości.
Produkty We Włocławskiej Celulozie produkowano między innymi: celulozę, papier, zeszyty szkolne. Niektóre produkty fabryka wykorzystywała do dalszej obróbki w zakładzie, a inne sprzedawała kontrahentom.
„Czerwony Sztandar” Czerwony Sztandar był uznawany za zakładowy symbol ruchów robotniczych. Powiewał na najwyższym kominie fabryki. Ostatecznie podczas ogłoszenia upadłości sztandar został zdjęty. Wysokość komina zakładu została zmniejszona do ok.