Po wojnie z bolszewikami, Bujalski został 29 marca 1922 roku podsekretarzem stanu w Ministerstwie Zdrowia Publicznego w drugim rządzie Antoniego Ponikowskiego. W kolejnych rządach Artura Śliwińskiego, Juliana Nowaka i Władysława Sikorskiego, Witold Chodźko pozostaje ministrem zdrowia publicznego, a Bujalski podsekretarzem stanu. Natomiast w drugim rządzie Wincentego Witosa od 28 maja do 14 grudnia 1923 został kierownikiem tego resortu. Podczas zarządzanie resortem, najważniejszymi sprawami było opanowanie epidemii na wschodnich terenach Polski, czy budowa systemu ochrony zdrowia. Po upadku rządu, ministerstwo zostało zlikwidowane.
Po zakończeniu działalności w ministerstwie, Bujalski zajął się pracą w publicznej służbie zdrowia. Prowadził również intensywną działalność społeczną w lekarskich organizacjach zawodowych. Włączył się w prace Izby Lekarskiej Warszawsko-Białostockiej oraz wchodził w skład Naczelnej Izby Lekarskiej. Od 1926 r. kierował zespołem redakcyjnym czasopisma „Lekarz Polski”. Pracował w Związku Zakładów Ubezpieczeń Pracowników Umysłowych oraz Ogólnopaństwowym Związku Kas Chorych. W tej ostatniej organizacji w 1933 r. pełnił funkcję głównego inspektora lecznictwa.