Po uzyskaniu niepodległości zniesiono w Chile inkwizycję, katolicyzm utrzymał jednak status religii państwowej (z zakazem praktykowania jakiejkolwiek innej), co znalazło odbicie w konstytucjach z 1823 i 1833 roku. Utrzymano odziedziczony po panowaniu hiszpańskim system patronażu. Na przełomie lat 50. i 60. XIX wieku głośna Sprawa zakrystiana doprowadziła do utraty władzy przez klerykalnych konserwatystów, zapoczątkowując okres republiki liberalnej cechującej się tendencjami antyklerykalnymi.
W 1865 roku przyjęto nowelę konstytucyjną wprowadzająca wolność wyznania i swobodę kultu dla niekatolików, a prezydentura Domingo Santa María przyniosła uchwalenie ustaw laickich wprowadzających małżeństwa cywilne, świecki rejestr urodzeń i zgonów oraz cmentarze świeckie.
Rozdział Kościoła i państwa został wprowadzony wraz z uchwaleniem nowej konstytucji w 1925 roku.
W roku 1888 utworzono Uniwersytet Pontyfikalny w Santiago de Chile, do którego z czasem dołączyły inne uczelnie katolickie.
W drugiej połowie XX wieku Kościół katolicki otwarcie opowiadał się za reformą rolną, a w okresie dyktatury Augusto Pinocheta Ugarte bronił praw człowieka.