Po przełomie demokratycznym Kościół jest bardzo krytykowany za konserwatywne stanowisko w takich kwestiach jak przerywanie ciąży, środki antykoncepcyjne, rozwody czy małżeństwa osób tej samej płci. Jednocześnie wielu zwolenników zdobywają wyznania takie jak protestantyzm czy pochodzący ze Stanów Zjednoczonych mormonizm.
Problem molestowania nieletnich Trwające od wielu lat skandale dotyczące przestępstw pedofilsko-seksualnych spowodowały kryzys w Kościele oraz „odpływ” części wiernych. Najgłośniejszy przypadek dotyczy wieloletniego duszpasterza konserwatywnych elit politycznych, z czasów junty Augusto Pinocheta – Fernando Karadimy. W 2004 roku został on oskarżony przez kilkoro dorosłych już, dawnych swoich wychowanków, o molestowanie seksualne. W 2010 roku przeprowadzono rozprawę kanoniczną, a w 2011 roku ksiądz Karadima został uznany winnym i odsunięty od posługi kapłańskiej. Dopiero we wrześniu 2018 roku został przez papieża Franciszka usunięty ze stanu duchownego.