Ostatnia elekcja Pracę duszpasterską i zabiegi gospodarcze przerwały wydarzenia po śmierci Augusta III. Biskupa wezwały do działalności publicznej obowiązki wobec rodziny. Początkowo Czartoryscy mieli nadzieję, że na fali tęsknoty za Piastem uda się zdobyć koronę dla brata biskupa, wojewody ruskiego, Augusta Aleksandra Czartoryskiego. Rosyjscy sojusznicy szybko dali do zrozumienia, że to mrzonki. Familia, chcąc nie chcąc, poparła należącego do niej, lecz traktowanego jak ubogi krewny, Stanisława Augusta Poniatowskiego. Biskup poznański jeszcze w 1763 r. odczuł bezpośrednio skutki zabiegów mocarstw o „własnego” władcę Rzeczypospolitej. Wojska pruskie pod dowództwem generała Lossowa weszły do Wielkopolski, powodując niemałe zniszczenia. Czartoryski wraz z innym poznańskimi senatorami protestował przeciwko temu bezprawnemu naruszeniu granic, pisząc skargi do poczdamskiego dworu. Aktywnie włączył się też w agitację wielkopolskiej szlachty za oddaniem głosu na brata, a później na siostrzeńca. Urządził w Poznaniu zjazd, na którym przekonywał miejscowych notabli. Na sejmiku wielkopolskim w Środzie (luty 1764) użył całego, niemałego w regionie, autorytetu, aby przeforsować stronników Familii jako posłów na sejm konwokacyjny. Działania te zakończyły się połowicznym sukcesem.