Na wzgórzu południowym znajdowało się drugie sanktuarium chrześcijańskie, które zaczęto identyfikować z miejscem Nawiedzenia św. Elżbiety na początku XIV wieku. Apokryficzna Protoewangelia Jakuba z II w. mówi o ukrywaniu się małego Jana Chrzciciela przed siepaczami Heroda. Rosyjski pątnik Daniel widział sanktuarium związane z tym wydarzeniem w miejscu, w którym dzisiaj znajduje się franciszkańskie sanktuarium Nawiedzenia. Relikwiarz z ziemią z groty św. Elżbiety i św. Jana przechowywany był w Rzymie w skarbcu laterańskim już w VII w.. Skała pokazywana dzisiaj w dolnym kościele sanktuarium Nawiedzenia jest pozostałością tamtej bizantyjskiej tradycji.
Okres wypraw krzyżowych W okresie wypraw krzyżowych wybudowano kościół na terenie sanktuarium Narodzenia św. Jana Chrzciciela, na stoku wzgórza północnego. Posiadał on trzy nawy i kopułę. Struktura ta dobrze zachowała się do czasów obecnych. Również na stoku wzgórza południowego krzyżowcy wznieśli na ruinach wcześniejszej świątyni bizantyjskiej kościół z obejściem. Oba kościoły przybrały aspekt fortec. Najprawdopodobniej sama osada była w tym okresie już całkowicie zislamizowanaAntichi villaggi cristiani di Giudea e Neghev. s. 17.. W czasach Królestwa Jerozolimskiego osadę nazywano St.