Jeehan de Bois.
Okres po wyprawach krzyżowych W późniejszym okresie, po upadku państwa krzyżowców, przybywający do Ziemi Świętej pielgrzymi europejscy odnotowali, iż w osiedlu mieszkali prawie sami muzułmanie. W 1335 Jakub z Verony odwiedził sanktuarium Narodzenia św. jana Chrzciciela, które stało się własnością muzułmanów. Mikołaj da Poggibonsi kilka lat wcześniej widział sanktuarium Nawiedzenia na wzgórzu południowym, którym opiekowali się mnisi ormiańscy. Posiadało ono ogród. W 1384 pątnicy z Florencji widzieli już w sanktuarium Nawiedzenia pasące się zwierzęta. Widocznie również to drugie sanktuarium podzieliło los pierwszego, przechodząc w posiadanie mahometan. W 1483 dominikanin Faber spotkał już nie lada trudności z dostaniem się na teren sanktuarium Nawiedzenia. Dopiero w XVII w. franciszkanom udało się odzyskać oba sanktuaria i przywrócić je na cele kultu. Obok sanktuariów zamieszkały sprowadzone z Beit Dżali i Betlejem rodziny chrześcijańskie. Zakonnicy otworzyli szkołę i utworzyli parafię łacińskąAntichi villaggi cristiani di Giudea e Neghev. s. 18.. Źródła tureckie podają, iż w czasie spisu ludności, związanego z poborem podatków, w En Kerem w 1596 zarejestrowanych było 160 mieszkańców.
thumb|250px|Współczesna zabudowa En Kerem