W szczególności krytykowano metafizykę w filozofii chrześcijańskiej. Na tę metafizykę, jak wskazuje Kant, składają się trzy tylko problemy: Bóg, wolność, nieśmiertelność. Poniżej ich krótkie rozpatrzenie.
Bóg Wielu filozofów wielokrotnie zwracało uwagę na błędy logiczne zawarte w pojęciu boga, a w szczególności boga-osoby. Przeciwstawienie Boga naturze (a w szczególności postawienie go ponad nią) było nielogiczne dla panteistów (np. Spinoza), gdyż jeżeli bóg reprezentuje przypadkowość, wówczas jego pojęcie jest bezużyteczne, a jeżeli reprezentuje konieczność (przyczynowość), to tym samym jest już sam poddany określonym prawidłom i nimi ograniczony.
Filozofowie egzystencjalni i preegzystencjalni, np. F. Nietzsche, J.P. Sartre, wskazywali, że pojęcie boga jest przeciwstawne pojęciu rzeczywistości i stawania się. W tym celu wskazywali na doskonałość non plus ultra cech boskich: wszechwiedza (pytano: „co w takim razie robią bogowie?