Dodatkowo Rosja otrzymała także zgodę na budowę odgałęzienia Kolei Wschodniochińskiej (tzw. Kolei Południowomandżurskiej). Wzmocniło to pozycję Rosji w tym rejonie, a jednocześnie wywołało ostry sprzeciw JaponiiPałasz-Rutkowska E., Starecka K., Japonia, s.64..
Rosja nie chciała pozwolić na wzrost wpływów japońskich w Korei, dlatego też w czerwcu 1896 r., po wstępnych ustaleniach (porozumienie Komura-Weber), ministrowie spraw zagranicznych Japonii Yamagata Aritomo oraz Rosji Aleksiej Łobanow-Rostowskij uznali niepodległość Korei oraz zgodzili się na wspólny udział, poprzez swoich przedstawicieli w reformowaniu kraju. W tajnej klauzuli określono liczbę żołnierzy obu stron, która mogła stacjonować w newralgicznych miastach kraju w celu utrzymania porządku. Porozumienie rosyjsko-japońskie potwierdzono dwa lata później (25 kwietnia 1898 r.), kiedy minister spraw zagranicznych Nishi Tokujirō i poseł w Tokio Roman von Rosen uzgodnili, że obie strony nie będą się angażować w sprawy wewnętrzne Korei, a instruktorzy wojskowi będą wysyłani tylko po dwustronnych konsultacjach. Ponadto, Rosja mając już zapewnione specjalne prawa w Mandżurii, uznała pierwszeństwo i specjalne prawa Japonii w Korei (m.in.