Po tych Mistrzostwach Europy o Rooneya starania rozpoczęły Newcastle United F.C. i Manchester United F.C. Transfer do pierwszego z klubów był już blisko finalizacji, jednak ostatecznie, na godziny przed zakończeniem okna transferowego, podpisał on kontrakt z Manchesterem. Klub z Old Trafford zapłacił za niego 27 milionów funtów, co było wtedy najwyższą kwotą wydaną na nastoletniego piłkarza na świecie (obecnie najdroższym transferem nastoletniego piłkarza jest transfer Anthony’ego Martiala do Manchesteru United), a także obecnie jedenastym co do wysokości transferem w historii Manchesteru United. Więcej wówczas (2004) zapłacono tylko za Juana Sebastiána Veróna (2001) i Rio Ferdinanda (2002), a później za Dimitara Berbatowa (2008), Paula Pogbę (2009, rekord wszech czasów), Angela Di Marię, Juana Matę, Luke’a Shawa (wszyscy trzej 2014), Anthony’ego Martiala (2015), Erica Bailly’ego, Henricha Mychitariana (obaj 2016).
Na Euro 2004 piłkarz nabawił się kontuzji, która wykluczyła go z gry na miesiąc. W meczu Ligi Mistrzów przeciwko Fenerbahçe SK zaliczył hat-tricka i asystę.