Po sprzedaży van Nistelrooya do Realu Madryt na Rooneyu zaczęła spoczywać większa odpowiedzialność za zdobywanie bramek. W inaugurującym meczu sezonu 2006/2007 przeciwko Fulham dwukrotnie trafił do siatki, jednak później, po trzymeczowym zawieszeniu za czerwoną kartkę w przedsezonowym sparingu z FC Porto, długo nie umiał znaleźć drogi do bramki, pozostając bez gola w 10 kolejnych meczach. Przełamał się w pojedynku z Boltonem, w którym strzelił 3 gole.
Jego klub zdobył mistrzostwo Anglii. Rooney sezon zakończył z 55 meczami we wszystkich rozgrywkach, w których strzelił 23 gole i zaliczył 16 asyst.
W sezonie 2007/2008 jego głównym zadaniem było rozgrywanie piłki i dogrywanie jej partnerom. Ostatecznie we wszystkich rozgrywkach łącznie zdobył 18 bramek. Manchester United został drugi raz z rzędu mistrzem kraju, a Rooney po raz pierwszy w swojej karierze wygrał Ligę Mistrzów. W finale Manchester pokonał Chelsea po rzutach karnych.
W sezonie 2008/2009 Manchester United po raz 3 z rzędu zdobył mistrzostwo kraju, a Rooney strzelił 12 bramek i z zespołem doszedł do finału Ligi Mistrzów, gdzie Manchester United przegrał z FC Barcelona. W grudniu strzelił bramkę w finale Klubowych Mistrzostw Świata przeciwko LDU Quito (1:0).