Układ nerwowy i narządy zmysłów Mózgowie minoga złożone jest z 5 odcinków ułożonych jeden za drugim. Móżdżek i śródmózgowie są słabo rozwinięte. Móżdżek jest wyraźnie wyodrębniony z rdzenia przedłużonego. Od kresomózgowia odchodzą duże płaty węchowe. Z międzymózgowiem łączy się szyszynka i narząd ciemieniowy. Z przedniej części dna międzymózgowia odchodzą nerwy wzrokowe. IX i X para nerwów mózgowych wychodzi poza obrębem mózgoczaszki. Rdzeń kręgowy jest taśmowaty i silnie spłaszczony grzbietobrzusznie.
Narządy zmysłu minoga to: narząd węchu – jest najlepiej rozwinięty, leży na wierzchu głowy; narząd słuchu, składający się z ucha wewnętrznego, zbudowanego z: 2 kanałów półkolistych; pęcherzyka słuchowego; narząd wzroku – jest słabo rozwinięty, a akomodacja następuje przez ruch soczewki pod wpływem skurczu mięśni deformujących gałkę oczną; linia naboczna.