W sierpniu 1939 mianowany dowódcą artylerii Korpusu Interwencyjnego dowodzonego przez gen. bryg. Stanisława Skwarczyńskiego. Po rozwiązaniu korpusu miał objąć stanowisko dowódcy artylerii Grupy Odwodów „Wyszków”. Ostatecznie został dowódcą artylerii Południowego Zgrupowania Armii „Prusy”.

Po kampanii wrześniowej 1939 przedostał się do Francji, a potem do Wielkiej Brytanii. W I Korpusie Polskim dowodził artylerią 8 Brygady Kadrowej Strzelców. W 1941 przeniesiony do ZSRR, a następnie na Bliski Wschód. Był m.in. komendantem Centrum Wyszkolenia Artylerii. Wziął udział w kampanii włoskiej jako dowódca 2 Grupy Artylerii.

Po wojnie pozostał na emigracji w Londynie. Wykorzystując własne oszczędności kupił dom na wynajem, pełniąc w nim rolę administratora i stróża, co pozwalało mu na uzyskanie środków utrzymania.

Od grudnia 1954 do czerwca 1955 był ministrem obrony narodowej w rządzie Stanisława Mackiewicza. 1 lutego 1971 został powołany na stanowisko prezesa Najwyższej Izby Kontroli na Uchodźstwie i pełnił tę funkcję do połowy 1973, kiedy został członkiem Rady Narodowej RP. Zmarł 1 grudnia 1973 w Londynie. Został pochowany na cmentarzu Gunnersbury. mały|Nagrobek Ludwika Ząbkowskiego Był mężem Mary Milroy z domu Ferguson (1913–1993).