Splot zależności spowodował, iż praktyka zen została w jego szkole zmieszana z naukami tendai. Jego tekst Kōzen Gokokuron (Traktat o szerzeniu zen dla obrony narodu) zaangażował zen w politykę.
Chociaż Japończycy szczycili się przeniesieniem do swego kraju prawdziwego i czystego chan/zen z Chin, to jednak jego rozwój poszedł w innym kierunku. Chan był w Chinach plebejski i mistrzowie stronili od polityki, jak i od wizyt w pałacach – chociaż były od tego wyjątki (np. szkoła północna stopniowego oświecenia); natomiast zen od okresu Kamakury stał się buddyzmem klasy samurajów i angażował się w politykę. W toku dalszego rozwoju, m.in. z powodu antybuddyjskich rozporządzeń Ody Nobunagi i w jeszcze większym stopniu antybuddyjskiego nastawienia w czasie okresu Meiji, zen zmienił się na tyle, że wielu mistrzów zaczęło popierać nacjonalizm i wojnę (zobacz dalej: Zen od Ody Nobunagi do okresu Meiji).
Pechowo potoczyły się dalsze losy tej szkoły. Jego najwybitniejszym uczniem był Ryōnen Myōzen (1184–1225), który przez 6 lat był nauczycielem Eiheia Dōgena. Udał się Chin, gdzie praktykował u mistrzów Wuji Liaopaia i Tiantonga Rujinga. Niestety zmarł w Chinach w maju 1225 r.