Dno doliny rzeki to czwartorzędowe osady rzeczne tarasów holoceńskich w postaci namułów, iłów, mułków i madów. W strefach przykorytowych są to również piaski, żwiry i namuły den dolinnych najmłodsze wiekowo. W strefie górskiej dna dolin budują głównie gliny deluwialne. Na terenie miasta Prudnika dolina jest silnie przekształcona i uregulowana. W skali opracowania dolina tej rzeki ma znaczenie jako ponadlokalny korytarz ekologiczny. Jakość wód rzeki Prudnik w 2014 na przekroju pomiarowym w Dytmarowie pozwoliła zaliczyć rzekę do III klasy jakościZmiany studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego gminy Prudnik..
Ochrona Dolina Prudnika przebiega przez wiele kompleksów leśnych (na przykład Las Niemysłowicki i Las Prudnicki). Rzeka przepływa przez różne obszary chronione.
Obejmujące Prudnik obszary chronione to między innymi:
Park Krajobrazowy Góry Opawskie Rezerwat przyrody „Olszak” Rezerwat przyrody Velký Pavlovický rybník
Dopływy mały|Miejsce wpływu Złotego Potoku do Prudnika Złoty Potok Potoczyna Trzebinka Sadecki Potok
Powodzie i regulacja rzeki
1903 mały|Zalana fabryka Fränkla podczas powodzi w 1903