9 i 10 lipca 1903 na południu Śląska doszło do fali opadów nawalnych, wyjątkowo intensywnych m.in. w dorzeczu Prudnika. W Prudniku woda zawaliła kilka domów na Taborach, a także zalała zakłady włókiennicze. W wyniku powodzi w Prudniku zginęła jedna osoba.
1977
W dniach 2–8 sierpnia 1977 miała miejsce pierwsza, mała powódź w zlewni rzeki Prudnik. Od 18 sierpnia opady nasiliły się, przybierając formę „oberwania chmury” po południu 21 sierpnia. Rekordowy przepływ wody na rzece Prudnik miał miejsce po południu i wieczorem 21 sierpnia oraz rano 22 sierpnia. Gwałtowny przybór wody odnotowano na dopływach rzeki Prudnik, głównie na Potoczynie. 21 sierpnia o godzinie 16-tej został przekroczony stan alarmowy na wodowskazie w Prudniku. O godzinie 20-tej odnotowano najwyższy stan na tym wodowskazie w dotychczasowej historii – 476 cm. Część wody wystąpiła z koryta rzeki i popłynęła ulicami miasta, wracając w koryto rzeki ok. pół kilometra dalej. Fala wezbraniowa znacznie uszkodziła wiadukt kolejowy w Prudniku przy ul. Słowiczej. W Szybowicach zginęła jedna osoba. Odnotowano straty w zwierzętach hodowlanych. Uszkodzone zostały budynki mieszkalne i gospodarcze.
1997
Rzeka Prudnik wylała 7 lipca 1997.